RMC“Dr. Safet Mujić“ je organizovan u 4 organizacione jedinice i 28 službi.

Organizaciona jedinica Bolnica za interne bolesti u okviru 9 službi pruža usluge iz domena internih bolesti, dječije, zarazne, nervne i duševne, plućne bolesti i tuberkulozu, laboratorijsku dijagnostiku, fizikalnu medicinu i rehabilitaciju, kožno venerične bolesti, kao i usluge za patološku anatomiju.

Organizaciona jedinica Bolnica za hirurška oboljenja organizovana je u 11 službi i pružaju slijedeće zdravstvene usluge: usluge za hirurška oboljenja, urologiju, ortopediju i traumatologiju, ginekologiju i akušerstvo, očne bolesti, usluge za ORL, maksilofacijalnu hirurgiju, transfuziju, radiologiju, anesteziju sa reanimatologijom, neurohirurgiju, kao i bolnička apoteka.

Organizaciona jedinica Dom zdravlja Mostar pruža slijedeće usluge: usluge za opću i porodičnu medicinu, stomatologiju, hitnu medicinsku pomoć, higijensko-epidemiološke usluge.

Organizaciona jedinica Biro za administrativno-stručne i tehničke poslove. Služba vrši usluge snadbdijevanja medicinskom opremom i lijekovima, vođenje administrativnih i ekonomsko finansijskih poslova te poslova održavanje objekata i medicinske opreme.

RMC "Dr.Safet Mujić" svoje bolničke kapacitete ima u dvije zasebne zgrade:
- Zgrada bolnice RMC "Dr. Safet Mujić" u južnom djelu grada nalazi se na zemljišnoj čestici od 18.232, a površina objekta iznosi 5.336 metara kvadratnih.
- Zgrada bolnice "Centar za majku i dijete" površina objekta iznosi 1.086 metara kvadratnih.

Ukupni bolnički kapaciteti raspolažu sa 178 kreveta, 5 inkubatora, 4 operacione sale, te drugim uređajima, koji se koriste u dijagnostičke i terapeutske svrhe. Uslovi ležanja za pacijente su solidni. Oba objekta imaju grijanje i samo djelimično riješen problem klimatizacije.